Для того что бы ваши и заказчика нервы были в порядке, придерживайтесь простых правил:

• Когда вам доверили готовый коммерческий сайт, сделайте его полную (файлы+БД) резервную копию.
• Когда меняете какие то файлы, не заменяйте старую версию, а назовите ее ГГГГММДД_имяфайла. Советую именно так, потому что такие файлы удобно сортировать по имени, и вы будете знать дату старой версии.
• Перед глобальными запросами БД, лучше еще раз сделать её резервную копию.
• Храните резервные копии на нескольких носителях.
• Даже если вы уверены, что после сделанных изменений ничего плохого не случится, всегда проверяйте сайт (лучше в нескольких браузерах).
• При переезде заранее узнайте все ли модули поддерживаются на новом хостинге. Лучше что бы были те же версии модулей.